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K. Yam

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11 months

ドイツはクレジットカードが使えない国という印象があったので，ホテルチェックイン時に聞いてみたら「使えない店を見つけたらラッキーだよ」と．安心して夕飯食べに行ったら早速使えなかった

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K. Yam

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2 years

potassiumの発音が悪すぎて通じなかった上に「ああkaliumね」って言われてカリウムで通じるんかーいってなった

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K. Yam

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4 years

5月が終わってしまった…．先月で某大学を退職し，今月から海外の某研究所勤務となりました．と言っても日本からリモートですが．どうぞよろしくお願いします．

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K. Yam

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3 years

今日一番おもしろかったのは炭酸飲料の7 Upはもともと精神安定作用のあるリチウム塩が添加されていて，リチウムの原子量が約7であることからその名前がついたという話

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K. Yam

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3 years

個人的に今まで見た中で一番きれいなMicroEDの密度．公開されたデータを使ってマップを描くと水の水素も見えている！ (hydrogen omit map, refmac5で計算)

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K. Yam

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7 years

タンパク結晶学の初学者（生物系で数学・物理のバックグラウンドがない人）にはが私の知る限り最もオススメ．非常に平易で，はじめに全体の流れを俯瞰するのに最適だと思う（それができてる人には要らないと思う

Crystallography Made Crystal Clear: A Guide for Users of Macromolecular Models

Crystallography Made Crystal Clear makes crystallography accessible to readers who have no prior knowledge of the field or its mathematical basis. This is the most comprehensive and concise reference...

www.amazon.co.jp

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K. Yam

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3 years

ｱｸｾﾌﾟﾄｫｰ

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K. Yam

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4 years

「よこはま」の対義語、「たてやま」なのでは

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K. Yam

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1 year

モグリなのでタンパク質の主鎖でこういう環状結合ができることあるの知らなかった (PDB 4y8l, c/5 05W - K/1 THR)

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K. Yam

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8 months

ついに本帰国のとき。もう少しいたかったようにも思うけど、そう思えるくらいが良いタイミングかもしれない

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K. Yam

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3 years

Coot: Beyond the Basics (x-ray) スゴ技集準備編

Coot Tutorial: How to setup your Coot (x-ray)

Moving beyond the introduction tutorial, there are faster ways of using Coot (dragging on atoms is usually not needed). These faster ways however, do take so...

www.youtube.com

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K. Yam

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7 months

無事着任してた。思えば大学→研究所→大学→研究所と渡ってきて、また大学に戻ったのであった

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K. Yam

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1 year

母校の卒業生向け生涯使えるメールアドレスサービスが終了とのこと．まあこうなるだろうとは思ってたけど，何でそんな名前のサービス始めたのかな

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K. Yam

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3 years

なんで金曜日は必ずフィッシュアンドチップスなんだろうねと言ったら，同僚が金曜日はカトリック的に肉を食べちゃダメだから魚を食べる日なんだと教えてくれた fry-dayだからかなとか思ってた私は猛省

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K. Yam

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4 years

ついにﾄｩｪｪｪｲのとき

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K. Yam

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2 years

ボスに年に2回ほど酷い腹痛があると言ったら時系列データをフーリエ変換してみたらと言われたけど、すでにデータがあることは引かれると思って伏せた

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K. Yam

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4 years

以前某面接で、人格は高潔ですか？って聞かれたな

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K. Yam

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5 years

渡邉先生追悼記事．涙なしには読めない…．本当に惜しい人をなくしてしまった

渡邉信久君を偲んで

日本結晶学会誌, 2019 年 61 巻 2 号 p. 138-140

www.jstage.jst.go.jp

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K. Yam

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3 years

ボス「私の母語は古代ギリシア語，つまりFortranだ」

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K. Yam

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2 years

陽性だった．心因性どころではなかった．喉の痛み・倦怠感・寒気あり．平熱

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K. Yam

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5 years

ラボの新歓で一人ひとり自己紹介で「なぜこのラボを選んだか」の話をさせられたとき，結晶学の講義が楽しかったからと言ったらすかさず「好きな点群は？」と聞かれたなあ．当時は答えられなかったが…先生の好きな点群は何だったのだろう…

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K. Yam

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3 years

ボス「preprint, twitterで少し話題になったみたいね．君はtwitterやってないの？」「やってるけど匿名アカウントなので論文のこと書けないですね」

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K. Yam

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3 years

ボス「では定例ディスカッションを始めよう．まず，とりさんについて」

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K. Yam

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4 years

ﾄｩｪｪｲ完了

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K. Yam

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5 years

なるほど

torusengoku💙💛

@torusengoku

5 years

なるほど

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K. Yam

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2 years

CCP4 8.0がついに登場！記載無いけど，Refmacとmonomer libraryも大幅に更新されているようです．Refmacは特に単粒子向けの機能強化とmmcif出力のバグ修正が盛りだくさん．またexternal restraintsが従来のGM関数からより一般的なものへ変更 ()

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K. Yam

@yam_cpp

3 years

グループミーティングにてボスが「君の名前の発音，いつも間違ってるんじゃないかと思って悪い気持ちになるんだけど」と言うので日本じゃ下の名前でふつう呼ばないから英語風の発音で全然違和感無いと言ったら全員驚いていた

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K. Yam

@yam_cpp

3 years

ボス「サイエンスは自分のやるべきことの一部に過ぎない．君たちが将来エキスパートになれるよう教育することも重視している」実際とても教育的でありがたい

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K. Yam

@yam_cpp

6 years

今日聞いた結晶スポンジの話は面白かった．論文出て以降，あまりその後を把握してなかったけど，かなり成功しているらしい．その中で出てきた，タンパクをカゴに閉じ込める（2012年にNatCommに出てたやつ）と非常に安定になり電顕用に撒くときも有利，みたいな話がどれだけ一般性あるのか気になった

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K. Yam

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7 months

ラボで凍える問題、足元のPCでGPU使えばかなり暖かいことがわかった。積極的に計算していきたい

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K. Yam

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8 months

こんにちは日本。日本行きにしては日本人客が少そうだった

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K. Yam

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1 year

あまりにも規格外だった同居人ついに退去．心の平穏が訪れる

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K. Yam

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2 years

間もなく搭乗。みなさまお世話になりました。また会う日までー

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K. Yam

@yam_cpp

4 years

ボスとディスカッション．報告できること少なすぎて一瞬で終わってしまうかと思いきや，ボスの様々なアイディアがとめどなく語られて脳がパンクした

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K. Yam

@yam_cpp

3 years

ボス「では定例ディスカッションを始めよう．まず，とりさんについて」

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K. Yam

@yam_cpp

3 years

ボス「緊張や不安は少しなら良い仕事ができるけど多すぎると脳は活動停止する」本当それ

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K. Yam

@yam_cpp

4 years

彫りました．初めてなのでデザインは日和ってしまった．ロウソクの固定に爪楊枝が活躍しました

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K. Yam

@yam_cpp

4 years

出身高校で講義をしてきた．2回やって，1回目は結構場が暖まってて色々とウケが良かったのだけど，2回目はice breakingに失敗してただただshow must go onって感じでした（でも数人にはそこそこ反応が良かったので，まあセーフ．．

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K. Yam

@yam_cpp

7 years

PyMOL 2.0が出たとのこと Tcl/TkからPyQtへの移行とか．普通に公式サイトからバイナリをダウンロードできて，ライセンス無しでも機能制限版として使える様子 (制限はmorphingだけ？mtzを開く機能は使えた

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K. Yam

@yam_cpp

1 year

冗談みたいなタイトルの論文が通った．冗談みたいなタイトルの論文を出すのは初めてです

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K. Yam

@yam_cpp

6 years

今も昔もどういうわけか，構造精密化のときに出力されるmtzを次の精密化の入力に使おうとする人がいるんだけど，やめたほうが良い．精密化の意味を考えれば，モデルを変化させていくプロセスなんだから実験データ(mtz)は変えないのが自然とわかるはず．

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K. Yam

@yam_cpp

4 years

学校で結晶学を学べなくなってる人のためのRigaku School for Practical Crystallography．低分子が中心．6月から

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K. Yam

@yam_cpp

6 years

意外と知らない人多いみたいですが，分子置換後に手で直していくならHHpredでサーチしてhhrファイルをに投げるとSculptorされたモデルが勝手に出来るのでそれをMR，そしてCootでは(Paul's keybindが入っていれば)ショートカットキーkで側鎖を生やせます

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K. Yam

@yam_cpp

4 years

お願い頑張って私の免疫力！あんたが今ここで倒れたら溜まってる仕事はどうなっちゃうの？

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K. Yam

@yam_cpp

2 years

佐野元春が「シグニチャー（サイン）しましょうか？」と言ったというくだり，好きすぎる

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K. Yam

@yam_cpp

4 years

PDBに登録されてる座標からrotamer outlierの統計をとったもの．X線は分解能範囲を雑に分割．X線と電��(単粒子)で「気にする度合い」が違うことが分かる…（X線の方も年別に見ていくとどんどん「気にする」ようになっていってるのが分かるけど

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K. Yam

@yam_cpp

3 years

遅くなったけど某アクセプトめでたい．OD氏の集大成ついに完結．実験に関わった多くの方々もお疲れさまです

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K. Yam

@yam_cpp

5 years

放射線損傷でdomain swappingが誘起されることがあるらしい？

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K. Yam

@yam_cpp

2 years

CCP4 8.0.003が出ました．monomer libraryが更新されて，HIS/ARGの問題が修正されています (更新しないと，これらの残基に関してPDBのvalidation等で怒られる可能性があります．もちろん一般にPDB側が常に正しいわけではないけど，これについてはmonomer library側のミス)

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K. Yam

@yam_cpp

3 years

我慢できなくなったので渡航後初飲酒．スーパーで適当に（一番度数の低い）選んだLondon Pale Ale，なかなかよい

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K. Yam

@yam_cpp

11 months

反射データファイルのMTZ，実は人名の頭文字 (McLaughlin-Terry-Zelinka)だったことを今日教わった．ソースはなど

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K. Yam

@yam_cpp

6 years

ExcelにPythonが入るならWordにTeXが入りませんかね（せめてBibTeXを

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K. Yam

@yam_cpp

2 years

14時間の空の旅、思ったより余裕だった。ご飯食べて寝たらもう半分だし

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K. Yam

@yam_cpp

4 years

いま気づいたけどMayって逆から読むとYamなんですね

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K. Yam

@yam_cpp

5 years

X線より電子回折の方が硫黄のマップが「大きく」見える件．原子散乱因子をプロットしてみた．同元素間でだけf(0)で高さを揃えている．CはX線・電子線であまり変わらないのに対して，Sは電子線で散乱因子の広がりが小さい，つまり実空間では「大きく」見える，ということかな

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K. Yam

@yam_cpp

5 years

電子線で見えるのは静電ポテンシャルなのでうっかり電子密度と言うと間違いだけど，でも"density"とはみんな言うっぽい（文献とか調べても使ってる人がいる）．何の密度なんだ

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K. Yam

@yam_cpp

5 years

数百nmあるタンパク質結晶だと電子線では動力学的効果がきつすぎて構造解析は難しいはずなのに，実際特に問題なくできてるのは，シミュレーションで非弾性散乱と溶媒効果を無視していたせい―らしい．非弾性散乱の確率が高いので，多重散乱過程で一度非弾性散乱すればBragg反射に干渉しなくなるとのこと

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K. Yam

@yam_cpp

8 years

too much もったいない精神 will kill you

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K. Yam

@yam_cpp

4 years

PDB登録された1.5 Åくらいの分解能で金属イオンの配位構造がハッキリ見えてるマップを見ると非常に癒やされるな…はあ〜正八面体が見える

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K. Yam

@yam_cpp

3 years

振り返ると一応1月末に書き始め（結果も作りながら），5月頭にpreprint公開，9月末に出版．毎度のことながら思ったより時間がかかってしまうな（最初6月には載ってるでしょとか言ってた）

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K. Yam

@yam_cpp

2 years

今でも多くの人がRefmacの出力mtzを次の入力に使ったり，PDB登録に使ったりしてるという話を聞いた．出力mtzのFP/SIGFPは入力データのコピーではなく，異方性が補正されたりdetwinされたデータなので，使ってはいけない．入力データのコピーを持たないのは問題ないと思うが，FPという名前はまずかった

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K. Yam

@yam_cpp

4 years

居ない間に某サーバ上のscreenがまるごとkillされた．調べに対しとりさんは「robustでないものは見てて辛いので殺した」などと供述しており…

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K. Yam

@yam_cpp

4 years

在宅ワーク，非常に快適（日中に洗濯できるし自炊が苦じゃないし荷物受け取りも楽，何より通勤が無い）だけど雑談の機会が無いのはもったいない．新しいことが始まるきっかけや問題解決の機会を逃しているようで．週1,2回だけ出勤とかが良いバランスかもだけど，その時みんな居ないと意味ないのよね

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K. Yam

@yam_cpp

2 years

スイッチオンラインの体験を始め，若い衆に混じってマリカーをしたところ，なんか勝ちまくってしまい，とても大人げないような気持ちになった．負けると悔しいけど

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K. Yam

@yam_cpp

8 years

レビュアーよ，お前は本当にそのデータを見たいのかと問いたい．問い詰めたい．小一時間（ｒｙ

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K. Yam

@yam_cpp

4 years

2年暮らした住居を退去。さようなら都会暮らし

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K. Yam

@yam_cpp

4 years

WinCoot 0.9-betaが出てますね．誰か試してみては…？

Release WinCoot 0.9 beta · bernhardcl/coot

Manually compiled Release 0.9 (64bit) release. Packed and zipped without dictionary etc. extract and run using yourwincootdir/bin/wincoot.bat Note: Some (python) functions may be missing. Please re...

github.com

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K. Yam

@yam_cpp

3 years

世界の標準時がまだ2020年なのにあけおめムードなんておかしいわ

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K. Yam

@yam_cpp

2 years

Ramachandran outlierだけど正しい構造と思われるもの，ちょうど見つけたのでメモっておく 2つともマップに合っており相互作用も形成していて正しい"outlier"である．なのにvalidationではすごい悪いみたいに表示される．PDB validationは邪悪

RCSB PDB - 2O9G: Crystal Structure of AqpZ mutant L170C complexed with mercury.

Crystal Structure of AqpZ mutant L170C complexed with mercury.

www.rcsb.org

K. Yam

@yam_cpp

3 years

正しいRamachandran outlierの構造を集めたデータベースとか無いかな．周囲の相互作用込みでどうやって安定化されてるか分かるようなやつ

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K. Yam

@yam_cpp

3 years

外出制限のストレスに耐えかねたハウスメイトが庭でキャンプをするらしい

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K. Yam

@yam_cpp

5 years

PDB登録，ブラウザ3種×2（プライベートブラウズ）を2台体制で同時に開いて連番達成

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K. Yam

@yam_cpp

5 years

自分でもたまにやってしまうけど，対比すべきは結晶vs電顕ではなくてX線vs電子線か結晶vs単粒子よね

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K. Yam

@yam_cpp

3 years

ここでの仕事をはじめて一年が経ってしまった．あっという間でもあったけど色々と新鮮でもあった

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K. Yam

@yam_cpp

4 years

ボスとディスカッション．やるべきことが明確になって良かった．何度か聞き返しても嫌な顔しないで教えてくれるいい人でとても助かっています．．

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K. Yam

@yam_cpp

5 years

全集中…JavaScriptの呼吸！って感じの一日だった（白目）

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K. Yam

@yam_cpp

5 years

うっかりモデリング時に配列間違える人がいる様子．たまにphenix.model_vs_sequenceで確認しましょう．モデルと配列のファイル投げればミスマッチを教えてくれます

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K. Yam

@yam_cpp

4 years

人生で初めて太ってきたかもしれない

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K. Yam

@yam_cpp

2 years

誰もが必ずしも正しくないと思いながら，Molprobityの指標を最適化し，PDBが汚染されていく．Molprobity自体はそれなりに有用だが，outlierをとにかく減らさなければいけないという発想は誤り．outlierを確認し，必要なら直す

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K. Yam

@yam_cpp

4 years

Hisの側鎖，プロトン化状態によってC-N-Cの結合角がわずかに変化するの知らなかった

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K. Yam

@yam_cpp

3 years

グループミーティング．サーバルちゃんお披露目．ボスが「ところでサーバルって何？」と知らない様子だったので「サーバルはね，高く跳べるしすっごいんだよ！」と説明しておいた

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K. Yam

@yam_cpp

3 years

回折像を自分で処理し直すのが継承の途絶えた伝統工芸みたいになってることに気がついてしまった俺たちは

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K. Yam

@yam_cpp

3 years

世の中には2種類のミーティングがあって，やることが減るミーティングとやることが増えるミーティングがある

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K. Yam

@yam_cpp

2 years

人生初・連続15日の有給を申請した．これで仕事するもしないも自由というワケ

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K. Yam

@yam_cpp

2 years

「ただの異性には興味ありません」

とりさん

@biochem_fan

2 years

光学異性のヒトがいたら萌える。

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K. Yam

@yam_cpp

6 years

あ，ｱｸｾﾌﾟﾄｰ（してたらしい，一昨日

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K. Yam

@yam_cpp

3 years

洗濯機に洗剤と間違えてオリーブオイル入れそうになった．台所に洗濯機が組み込まれてるこちらならではのヒヤリハット案件

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K. Yam

@yam_cpp

7 years

@makebelieveland ゲル破れてSangerあり…( ˘ω˘)

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K. Yam

@yam_cpp

7 months

日本の◯亀製麺、美味しすぎる…UKのは一体何だったのか…

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K. Yam

@yam_cpp

3 years

今のところ日本にいるときより明らかに健康．通勤が無いからか，自炊だからか，セントラルヒーティングのおかげか，睡眠時間が確保できてるからか．まだ緊張感があるからかも．

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K. Yam

@yam_cpp

5 years

学生の時に他手法の先生から，X線結晶学はBragg先生が大変素晴らしい人で弟子を多く育てたから今日の発展があるという話を聞いた．実際尊敬できる先生方に脈々と受け継がれてきて今があると思う

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K. Yam

@yam_cpp

2 years

セミナー，とりさんのアシストのおかげで事なきを得た

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K. Yam

@yam_cpp

4 years

KAMOサブレもらった

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K. Yam

@yam_cpp

4 years

とりさんは偉そうにギリシャ語をツイートしているが、実はほとんど分からないらしいって書いて煽ってくださいととりさんに迫られている

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K. Yam

@yam_cpp

2 years

精密化まじで終わりがない　終わらないのが終わり…それが構造精密化

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K. Yam

@yam_cpp

1 year

CCP4 8.0.008が出た．Coot 0.9.8.7が入っており，pyr-ASNのリンク認識が直っている（NAG等とASN間のリンク）．核酸の精密化��直って…ない！！核酸単体はいけるけど，タンパク複合体をいじるとぐちゃぐちゃになる．．なぜ．．

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K. Yam

@yam_cpp

2 years

@ykguitar1002000 monomer libraryに含まれているlinkなら直っているはずですし，そうでなければCCP4 8.0のacedrgで作り直せば直るはず…と思ったらacedrg古いままですね…報告しておきます…（とりあえず既知linkなら動くはずです）

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K. Yam

@yam_cpp

3 years

ただただ頷きながら一気に読みました

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K. Yam

@yam_cpp

2 years

先日こちらの人と外食してるときにゲームの話になったのでカービィを見せたら「知ってる，これポケモンでしょ？」って言われて，たまたま横にいた店員さんがすかさず"No, Kirby is not a Pokemon!"と突っ込んでくれたのが嬉しかった

K. Yam

@yam_cpp

2 years

新しい同居人氏，カービィが好きらしい．間違いなく良いやつ．あとPS5も持ってるから居間に置いても良いよって

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K. Yam

@yam_cpp

5 years

果物食べ放題したい(本能の叫び)

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