Yoshihiro Yamanishi @YoshihiroYamani Twitter profile

Last Seen Profiles

@Lady3150

@US_AU

@AziziGroup

@prof_dr_mary

@honami_DM

@FrankelWatch13

@OssiMenache

@highstreetworld

@AugustoHidalgo_

@CarsonRaether

@Richard91464221

@cfb6e35651cf4fc

@Icad4U

@ununmore

@lynseychutel

@SfpeAP3CdjIVwJg

@bocchi0329

@Salva_MS13

@ShiroEsuna

@D1neNik

@stratfit

@DorisSpeedFans

@AngelaTopping

@LFPress

@pow_rebecca

@jandakembangstw

@pesonable

@cassie_chartier

@LocalLoserGirl

@EvolvedTalent

@MasenWake13

@RhodySoftball

@StevieJPTX

@super_nagai

@ArifeenRavin

@SynFuturesDefi

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

Bioinformatics誌に、我々の論文が出版されました。iPS細胞を介さずに、すでに分化した細胞を別の種類の細胞へと直接変換するダイレクトリプログラミングを誘導する転写因子を高精度で予測する情報技術を開発しました。沖真弥先生（京大）との共同研究です。

TRANSDIRE: data-driven direct reprogramming by a pioneer factor-guided trans-omics approach

AbstractMotivation. Direct reprogramming involves the direct conversion of fully differentiated mature cell types into various other cell types while bypas

academic.oup.com

0

44

236

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

3 months

我々の論文がBioinformatics誌に出版されました。iPS細胞を介さずに、すでに分化した細胞を別の種類の細胞へと直接変換するダイレクトリプログラミングを誘導する低分子化合物(薬剤など)を、トランスクリプトームデータから予測する機械学習アルゴリズムを開発しました。

DIRECTEUR: transcriptome-based prediction of small molecules that replace transcription factors for...

AbstractMotivation. Direct reprogramming (DR) is a process that directly converts somatic cells to target cells. Although DR via small molecules is safer t

academic.oup.com

0

32

197

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

Bioinformatics誌に、我々の論文が出版されました。遺伝子ノックダウンや遺伝子過剰発現などの摂動応答トランスクリプトームを活用し、疾患の治療標的分子を予測する内容です。

From drug repositioning to target repositioning: prediction of therapeutic targets using genetica...

AbstractMotivation. A critical element of drug development is the identification of therapeutic targets for diseases. However, the depletion of therapeutic

academic.oup.com

0

21

147

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

Nature Computational Science誌に、我々の論文が出版されました。１細胞レベルで薬の作用メカニズムを同定する情報技術を開発しました。テンソル補完アルゴリズムの創薬応用で、細胞応答の不均一性を考慮した医薬品開発の展開が期待されます。

Pathway trajectory analysis with tensor imputation reveals drug-induced single-cell transcriptomic...

Nature Computational Science - A method is proposed to predict drug-induced single-cell gene-expression profiles with tensor imputation, detect cell type-specific maker genes, and identify the...

www.nature.com

0

15

119

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

この４月から名古屋大学大学院情報学研究科複雑系科学専攻生命情報論講座に、教授として異動しました。引き続き、バイオインフォマティクス、ケモインフォマティクス、AI創薬、AI医療の研究を推進していきます。今後ともどうぞよろしくお願いいたします。

3

11

119

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

名古屋大学での山西研HPを開設しました。バイオインフォマティクス、ケモインフォマティクス、AI創薬、AI医療の最先端の研究に挑戦したい学生、大学院生、社会人ドクターを募集しています。興味がある方は、気軽にご連絡下さい。研究室の見学も大歓迎です。

1

20

110

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 months

人工知能分野の主要国際会議であるAAAI-24（the Thirty-Eighth AAAI Conference on Artificial Intelligence）で、我々の論文がOutstanding Paper Awardを受賞しました。医薬品候補化合物の構造生成AIの内容です。

Congratulations to the #AAAI2024 outstanding paper winners - ΑΙhub

aihub.org

3

17

103

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

5 months

我々の論文がJournal of Chemical Information and Modeling誌に出版されました。任意の創薬標的分子の阻害剤や活性化剤の新規化学構造を生成する機械学習手法を開発しました。TransformerベースのVAEの潜在空間をベイズ最適化で探索するのが特徴です。学生の卒論の内容です。

De Novo Generation of Chemical Structures of Inhibitor and Activator Candidates for Therapeutic...

Deep generative models for molecular generation have been gaining much attention as structure generators to accelerate drug discovery. However, most previously developed methods are chemistry-centric...

pubs.acs.org

0

17

88

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

この４月から日本バイオインフォマティクス学会（JSBi）の会長に就任いたしました。AI・ビッグデータ時代の生命医薬学を主導するバイオインフォマティクスを目指して、分野や学会の発展のため、尽力していきたいと考えています。どうぞよろしくお願いいたします。

0

9

80

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

7 months

我々の論文がMolecular Informatics誌に出版されました。疾患患者の遺伝子発現プロファイルから医薬品候補化合物の新規構造を生成する機械学習手法を開発しました。TransformerベースのVAEを用いて、疾患特異的��遺伝子発現パターンを打ち消す化学構造の設計が特徴です。

De novo drug design based on patient gene expression profiles via deep learning

Molecular Informatics is an interdisciplinary journal publishing research on molecular aspects of bioinformatics, cheminformatics, & computer-assisted molecular design.

onlinelibrary.wiley.com

0

13

69

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 months

名大・山西研究室では、バイオインフォマティクス、ケモインフォマティクス、AI創薬、AI医療の最先端の研究に挑戦したい大学院生、社会人ドクターを募集しています。興味がある方は、気軽にご連絡下さい。日本学術振興会特別研究員（PD)の受け入れも可能です。

2

13

59

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

Bioinformatics誌に、我々の論文が出版されました。iPS細胞を介さずに、すでに分化した細胞を別の種類の細胞へと直接変換するダイレクトリプログラミングを誘導する低分子化合物セットと作用機序を予測する情報技術を開発しました。竹下潤一先生（産総研）との共同研究です。

Small compound-based direct cell conversion with combinatorial optimization of pathway regulations

AbstractMotivation. Direct cell conversion, direct reprogramming (DR), is an innovative technology that directly converts source cells to target cells with

academic.oup.com

1

17

53

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

3 months

新しく立ち上げられた学術雑誌「Artificial Intelligence in the Life Sciences」のEditorial Boardを務めることになりました。本分野がより発展できるよう、微力ながら尽力して参ります。

0

6

51

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

バイオインフォマティクス分野の主要国際会議であるECCB2022に、我々の論文がアクセプトされました。iPS細胞を介さずに、体細胞を別の種類の細胞へ直接変換するダイレクトリプログラミングを誘導する低分子化合物を予測する内容です。Bioinformatics誌で出版されます。

1

3

38

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

18 days

日本薬学会第144年会で、当研究室のM1の学生2人が、「学生優秀発表賞」を受賞しました。石原慎也くん：細胞形態画像からの化合物の生物活性予測亀淵由乃さん：薬の組み合わせ効果を予測する機械学習おめでとうございます!

日本薬学会第144年会（横浜）/開催概要

日本薬学会第144年会（横浜）,開催概要

confit.atlas.jp

0

2

34

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

8 months

実験医学増刊「マルチオミクス　データ駆動時代の疾患研究」（大澤毅先生編集）の一章を担当しました。濱野桃子，岩田通夫, 山西芳裕. 「マルチオミクス解析による細胞リプログラミング誘導因子の推定：パイオニア因子を考慮したデータ駆動型ダイレクトリプログラミング」

実験医学増刊：マルチオミクス　データ駆動時代の疾患研究〜がん、老化、生活習慣病　最新のオミクス統合で挑む標的探索と病態解明

最新オミクス解析の概説と運用方法から多様な疾患研究の実例まで，マルチオミクスの可能性を詰め込みました！疾患研究の新たな突破口を模索中の方，これからオミクス解析を取り入れたい方にもおすすめの一冊！

www.yodosha.co.jp

0

12

33

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

4 months

この１月からバイオインフォマティクス分野最大の国際学会・組織である ISCB (International Society for Computational Biology）の Board of Directors（理事）に就任いたしました。本分野がより発展できるよう、微力ながら尽力して参ります。よろしくお願いいたします。

0

2

31

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

3 months

我々の論文がBioSystems誌に出版されました。疾患バイオマーカーを同定する機械学習手法を開発しました。生体分子ネットワークを考慮し、スパースモデリングを導入したマルチオミクス解析により階層間で相関する分子を候補として予測するのが特徴です。心不全への応用です。

0

4

29

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

人工知能分野の主要国際会議であるIJCAI 2022で、我々の論文がアクセプトされました。タイトルは「Transformer-based Objective-reinforced Generative Adversarial Network to Generate Desired Molecules」で、医薬品候補化合物の構造を生成する機械学習手法の内容です。

1

6

28

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 month

今日（3月31日）、横浜パシィフィコで開催されている日本薬学会第144年会のシンポジウム「AIで切り拓く未来の創薬・医療」で講演します。

The 144th Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Japan (Yokohama)/Home page

The 144th Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Japan (Yokohama), Home page

confit.atlas.jp

0

7

25

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

11 months

名古屋大学大学院情報学研究科の山西研究室では、バイオインフォマティクス、ケモインフォマティクス、AI創薬、AI医療の最先端の研究に挑戦したい大学院生、社会人ドクターを募集しています。興味がある方は、気軽にご連絡下さい。募集要項は以下になります。

0

8

25

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

日本最大の化学ポータルサイトChem-Station（ケムステ）のスポットライトリサーチの記事で、我々の研究が掲載されました。疾患の治療標的分子を予測するターゲットリポジショニンングの内容です。

0

3

23

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 months

金久實先生が「小林賞」を受賞されたそうです。おめでとうございます。

0

5

23

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

13 days

人工知能・機械学習分野の主要国際会議であるAISTATS2024（the 27th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics）で、我々の論文が採択され、5月2日からの会議で発表します。Transformerを導入したGANベースの医薬品分子構造生成の内容です。

0

4

23

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

Twitter を始めました。よろしくお願いします。

3

6

22

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

5 months

人工知能分野の主要国際会議であるAAAI-24（the Thirty-Eighth AAAI Conference on Artificial Intelligence）で、我々の論文がアクセプトされました。医薬品候補化合物の構造生成の内容です。

AAAI-24 - AAAI

aaai.org

0

1

19

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

実験医学増刊「ポストGWAS時代の遺伝統計学」（岡田随象先生編集）の一章を担当しました。疾患治療標的を予測する手法の紹介です。難波里子, 岩田通夫, 山西芳裕. 「遺伝子摂動応答オミックスデータを用いた治療標的予測：疾患横断解析によるターゲットリポジショニング」

実験医学増刊：ポストGWAS時代の遺伝統計学〜オミクス解析と機械学習でヒト疾患を俯瞰する

公共データベースの情報を疾患研究に活かしたい方，ラボに眠っているオミクスデータがある方は必見！ゲノムの変異と疾患をどのように結びつけるか？第一人者の研究事例からデータの使い方を学ぶ

www.yodosha.co.jp

0

4

16

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

7 months

Our paper entitled “De novo drug design based on patient gene expression profiles via deep learning” has been published in Molecular Informatics. New molecules that counteract disease-specific gene expression patterns can be generated.

De novo drug design based on patient gene expression profiles via deep learning

Molecular Informatics is an interdisciplinary journal publishing research on molecular aspects of bioinformatics, cheminformatics, & computer-assisted molecular design.

onlinelibrary.wiley.com

0

4

16

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 months

Our paper received the Outstanding Paper Award at AAAI-24 (the Thirty-Eighth AAAI Conference on Artificial Intelligence), a major international conference in the field of artificial intelligence.

Congratulations to the #AAAI2024 outstanding paper winners - ΑΙhub

aihub.org

1

4

15

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

8 months

この９月から学術雑誌「Bioinformatics Advances」の編集委員Associate Editorに就任いたしました。皆様の論文の投稿をお待ちしています。どうぞよろしくお願いいたします。

Editorial Board

Executive Editors Alex Bateman European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) Cambridge, UK https://orcid.org/0000-0002-6982-4660 Thomas Lengaue

academic.oup.com

1

4

15

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

バイオインフォマティクス分野で最大の国際会議であるISMB2022のTransMed COSIで、当研究室の学生（D1）の難波さんが、疾患治療標的を予測するターゲットリポジショニングについて口頭発表します。

0

5

15

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 months

今日（3月2日）、東大医科研で開催される健康医療開発機構第17回シンポジウム「デジタルメディシン -その現状と未来-」で講演します。

第17回シンポジウム | NPOtrnetworks

www.npotrnetworks.com

0

4

14

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

npj Systems Biology and Applications誌に、我々の論文が出版されました。転写因子のレギュロームの視点から、多様な疾患の治療薬を探索する情報技術を開発しました。沖真弥先生（京大）や三森功士先生（九大）との共同研究です。

Regulome-based characterization of drug activity across the human diseasome

npj Systems Biology and Applications - Regulome-based characterization of drug activity across the human diseasome

www.nature.com

1

2

13

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

8 days

共著論文がJournal of Allergy and Clinical Immunology誌に出版されました。気管支喘息に対し、細胞外小胞 (EV) から組織病理を反映する新規バイオマーカーを同定することに成功しました。阪大病院の先生方との共同研究です。我々はプロテオームデータ解析を担当しました。

0

2

13

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

5 months

Our paper entitled “De Novo Generation of Chemical Structures of Inhibitor and Activator Candidates for Therapeutic Target Proteins by a Transformer-Based Variational Autoencoder and Bayesian Optimization” has been published in J Chem Inf Model.

De Novo Generation of Chemical Structures of Inhibitor and Activator Candidates for Therapeutic...

Deep generative models for molecular generation have been gaining much attention as structure generators to accelerate drug discovery. However, most previously developed methods are chemistry-centric...

pubs.acs.org

0

4

13

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

6 months

明日11月20日、東京の日本薬学会長井記念ホールで開催される、第51回構造活性相関シンポジウムで、「AI・ビッグデータ時代の創薬の可能性」について講演します。

0

2

12

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

7 months

CBI学会2023年大会で、当研究室のM1の学生2人が、口頭発表賞を受賞しました。松清くん　O03-01：遺伝子発現プロファイルからの化合物構造生成安田さん　O06-06：ポリファーマコロジー創薬おめでとうございます！

1

2

12

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

Journal of Chemical Information and Modeling誌に、我々の論文が出版されました。Scaffold を保持したまま、新奇化学構造を含む分子を重点的に生成する構造生成器を提案しました。

Scaffold-Retained Structure Generator to Exhaustively Create Molecules in an Arbitrary Chemical...

The construction of a virtual library (VL) consisting of novel molecules based on structure–activity relationships is crucial for lead optimization in rational drug design. In this study, we propose...

pubs.acs.org

0

3

11

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

10 months

7月11日（火曜）、岡山大学医学部医学科で、バイオインフォマティクスやAI創薬に関する講義をします（２限目、３限目）。バイオ・ケモインフォマティクスの基礎、創薬標的探索、医薬品候補化合物探索、毒性・副作用予測、医薬品分子構造設計などの創薬研究事例について解説します。

0

11

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

明日10月25日から始まるCBI学会2022年大会では、当研究室から、口頭発表3件、発表します。

2

0

10

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

12月2日に、横浜で開催されている第43回日本臨床薬理学会学術総会（JPW2022）のシンポジウム「データサイエンスで切り拓くエビデンス創出のための臨床薬理学研究」で、AlphaFold2を活用した薬効予測・毒性予測について講演します。

JPW2022/Japan Basic and Clinical Pharmacology Week 2022｜第96回日本薬理学会年会・第43回日本臨床薬理学会学術総会

2022年11月30日（水）〜12月3日（土）にパシフィコ横浜で開催されるJPW2022/Japan Basic and Clinical Pharmacology Week 2022, 第96回日本薬理学会年会・第43回日本臨床薬理学会学術総会のWebサイトです。

www.congre.co.jp

0

4

11

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

5月20日(金）18時から開催されるケムステVシンポ第25回ケムステVシンポ「データサイエンスが導く化学の最先端」で、「AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬」というタイトルで講演します。

0

3

10

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

当研究室の島田祐樹さん（修士１年）が、以下の研究でポスター賞を受賞しました。おめでとうございます！パスウェイを考慮した漢方薬の作用機序解析と効能予測

0

2

10

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

7 months

明日10月5日、東京の日本科学未来館で開催される、トーゴーの日シンポジウム2023で、講演します。

トーゴーの日シンポジウム2023 - NBDC

2023年10月5日午後、日本科学未来館にて開催。変りつつある生命科学研究において、研究基盤として公共データベースがどのような役割を果たせるのかについての議論を深めてまいりたいと思っています。

biosciencedbc.jp

0

4

10

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

8 months

11月28-30日、第8回ケモインフォマティクス秋の学校が開催されます。以下のような大御所の先生方が奈良に集結します！ Prof. Gisbert Schneider Prof. Alexandre Varnek Prof. Jürgen Bajorath Prof. Johann Gasteiger Prof. Didier Rognan Prof. Thierry Langer

0

3

10

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

6 months

第46回ケモインフォマティクス討論会で、当研究室のM1学生の髙田くんが、優秀講演賞を受賞しました。 O12 深層学習モデルによる所望の特性を持つ合成可能な化学構造の生成おめでとうございます! 医薬品候補化合物の構造生成、合成経路の生成、構造展開まで行う内容です。

ホーム

＜新着情報＞ 2023/11/23 討論会は盛会にて終了しました。活発な討論、有難うございました！ 2023/11/23 優秀講演賞・優秀ポスター賞の受賞者を掲載しました！ 2023/11/21 討論会の申込を締切ました。参加者は、当初予測を大幅に上回る147名です。お申込ありがとうございました！ 2023/11/13 懇親会の申込を締切ました。お申込ありがとうございました！ 2023/11...

sites.google.com

0

10

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

Our paper has been published in the Bioinformatics journal. The paper title is “TRANSDIRE: data-driven direct reprogramming by a pioneer factor-guided trans-omics approach”. This is a collaboration with Dr. Shinya Oki (Kyoto University).

TRANSDIRE: data-driven direct reprogramming by a pioneer factor-guided trans-omics approach

AbstractMotivation. Direct reprogramming involves the direct conversion of fully differentiated mature cell types into various other cell types while bypas

academic.oup.com

0

2

9

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

横浜で開催される日本薬物動態学会第37回年会において、明日９日にシンポジウム「デジタル解析技術を活用した疾患の予防・治療戦略」で、AI創薬について講演します。

オンカジ攻略！

オンラインカジノの入金不要ボーナス・入金ボーナスを攻略！「勝ってナンボ」のオンカジ情報♪

www.jssx37.org

0

1

9

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

11 months

6月18日、コングレスクエア日本橋で開催される、第5回日本メディカルAI学会学術集会のシンポジウム「先進的モデル化技術による生体情報の予測と発見」で、発表します。

0

1

8

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

Our paper has been accepted to IJCAI 2022 (a major conference in the field of artificial intelligence and machine learning). The paper title is “Transformer-based Objective-reinforced Generative Adversarial Network to Generate Desired Molecules”.

0

4

8

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

6月2日(木）に別府で開催される第95回日本内分泌学会学術総会「YECシンポジウム」で、「AIによるデータ駆動型研究が拓く生命医科学と創薬」というタイトルで講演します。

0

1

7

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

Our paper has been accepted for Proceedings Track in ISMB2022 (top conference in bioinformatics). We propose a computational method to predict therapeutic targets from genetically perturbed transcriptome data.

1

4

8

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

11月18日から福岡で開催される第45回ケモインフォマティクス��論会では、当研究室から、口頭発表2件、発表します。 2B08 ケミカル情報とパスウェイ情報による食品の機能性の大規模予測 2B09 オミックスデータに基づく薬物の標的分子予測とケミカル空間との相関解析

0

7

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

3 months

Our paper entitled “DIRECTEUR: Transcriptome-based prediction of small molecules that replace transcription factors for direct cell conversion” has been published in the Bioinformatics journal.

DIRECTEUR: transcriptome-based prediction of small molecules that replace transcription factors for...

AbstractMotivation. Direct reprogramming (DR) is a process that directly converts somatic cells to target cells. Although DR via small molecules is safer t

academic.oup.com

0

1

7

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

3 months

今日（2月12日）、盛岡で開催される第８回理論免疫学ワークショップで発表します。

第８回理論免疫学ワークショップ | 理論免疫学ワークショップ

第８回理論免疫学ワークショップの開催概要です。第８回理論免疫学ワークショップの開催日・開催場所・開催趣旨・共催情報などを確認できます。第８回理論免疫学ワークショップの参加登録はこちらから。

workshop.theoreticalimmunology.jp

0

1

7

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

4 months

今日1月26日の午後、京都大学大学院医学研究科で、AI・ビッグデータ時代の創薬・医療・疾患研究の可能性に関する大学院講義をします。

0

5

7

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

#IIMBP2022 久しぶりの現地開催で、素晴らしい大会でした！特に、ポスターセッションで、熱気を凄く感じました。大会長の水口先生をはじめ、実行委員の皆様、現地スタッフの皆様、完璧な運営ありがとうございました。

0

1

7

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

第96回日本薬理学会年会のサテライト企画で、11月30日に横浜で開催される新薬理学セミナー Digital Pharmacology Conference「DPC S3 シンポジウム３」において、AI創薬について講演します。

JPW2022/Japan Basic and Clinical Pharmacology Week 2022｜第96回日本薬理学会年会・第43回日本臨床薬理学会学術総会

2022年11月30日（水）〜12月3日（土）にパシフィコ横浜で開催されるJPW2022/Japan Basic and Clinical Pharmacology Week 2022, 第96回日本薬理学会年会・第43回日本臨床薬理学会学術総会のWebサイトです。

www.congre.co.jp

1

2

7

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 months

今日（3月29日）、名古屋国際会議場で開催される第113回日本病理学会総会のシンポジウム「仮説駆動型、データ駆動型病理学研究」で講演します。

0

1

6

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

6 months

今日28日から奈良で開催される第8回ケモインフォマティクス秋の学校で、以下のタイトルで講演します。 Data-driven drug discovery and healthcare by machine learning

0

6

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

4 months

Today I will give a talk about "Data-driven drug discovery and healthcare by machine learning" at the 14th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics (ICBBB 2024) in Kyoto.

0

6

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

9 months

8月9日（水）、那覇で開催される、健康・医療データサイエンス人材育成事業におけるシンポジウムで、講演します。台風が心配ですが。。。

令和5年度健康・医療データサイエンス人材育成事業におけるシンポジウムを開催します。

テーマ：沖縄ならではの Society 5.0 実現に向けて～誰もが沖縄県の健康･医療を支えるデータサイエンス人材になれる！～主催：健康･医...

www.okinawa-ct.ac.jp

0

2

6

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

7 months

明日10月23日から東京で開催されるCBI学会2023年大会で、当研究室から５件の口頭発表、２件のポスター発表を行います。口頭発表番号： O03-01 O03-04 O06-06 O07-02 O07-03 ポスター発表番号： P06-08 P10-03

0

1

6

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

3月25日から札幌で開催される日本薬学会第143年会シンポジウム「進展する創薬・医療AI」で、「シナジー創薬学：情報・物質・生命の協奏による化合物相乗効果の統合理解と設計」というタイトルで講演します。

The 143rd Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Japan (Sapporo)/Home page

The 143rd Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Japan (sapporo), Home page

confit.atlas.jp

0

6

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

7月2日に札幌で開催される第49回日本毒性学会学術年会のシンポジウム「リードアクロス研究の新機軸：安全性評価・規制利用からドラッグリポジショニングへ」で、AlphaFold2を活用した化合物の薬効予測・毒性予測について講演します。

0

3

6

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

3 months

今日（2月27日）、岐阜で開催される第10回CBI学会個別化医療研究会「AI・ビッグデータ時代の創薬や医療の可能性」で講演します。

0

5

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

11月29-30日に奈良で第7回ケモインフォマティクス秋の学校が開催されます。ケモインフォマティクスの大御所のAlexandre Varnek 先生(Strasbourg University)やJürgen Bajorath先生 (Bonn University)が来日され、講演されます。

0

3

5

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

9月6日午後に開催される日本オミックス医学会シンポジウム『AI創薬の最新の展開』で、オミックスデータを活用したAI創薬について講演します。

「日本オミックス医学会シンポジウム」テーマ「AI創薬の最新の展開」[2022年9月6日(火)] | 日本オミックス医学会

日本オミックス医学会シンポジウム『AI創薬の最新の展開』【開催概要】開催日時：2022年9月6日（火）13 […]

omics.jp

0

5

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

5 months

今日12月6日の午後、京都大学薬学研究科で、AI・ビッグデータ時代の創薬の可能性に関する大学院講義をします。

0

1

5

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

Our paper has been published in Nature Computational Science. The title is “Pathway trajectory analysis with tensor imputation reveals drug-induced single-cell transcriptomic landscape”.

Pathway trajectory analysis with tensor imputation reveals drug-induced single-cell transcriptomic...

Nature Computational Science - A method is proposed to predict drug-induced single-cell gene-expression profiles with tensor imputation, detect cell type-specific maker genes, and identify the...

www.nature.com

0

3

5

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

内閣府PRISM事業・創薬分野の令和３年度成果報告会で、5月12日に発表します。講演タイトルは「医薬ビッグデータと機械学習による創薬標的探索」です。難病である特発性肺線維症の創薬標的分子を、開発した機械学習手法で予測し、動物実験でも有用性を確認したという内容です。

0

5

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

バイオインフォマティクスの主要国際会議ECCB2022で、9月19日午前10時からSYSTEMSセッションで、当研究室から岩田通夫さんが口頭発表します。低分子化合物によるダイレクトリプログラミング（iPS細胞を介さずに、体細胞を別の種類の細胞へ直接変換）の内容です。

0

4

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

4 months

今日（1月12日）の午後、日本学術会議公開シンポジウム「AIが拓く創薬と医療の未来」で講演します。

日本学術会議ホームページ - 内閣府

日本学術会議は、我が国の人文・社会科学、自然科学全分野の科学者の意見をまとめ、国内外に対して発信する日本の代表機関です。

www.scj.go.jp

0

4

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

2月10日から小倉で開催される第52回日本心脈管作動物質学会のシンポジウム「最先端の研究技術を基盤とした心脈管作動物質研究の未来」で、「AIが拓く創薬と医療：循環器疾患への応用に向けて」というタイトルで講演します。

0

4

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

Inserm/JSPS Joint Seminar on “Artificial intelligence and big data approaches in precision medicine and health science” will be held in Yamaguchi, Japan on Dec 3-4, 2022. I’m looking forward to meeting researchers at Curie Institute again!

0

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

明日9月12日から始まる第11回生命医薬情報学連合大会IIBMP2022では、当研究室から、ハイライトトラック２件、口頭発表１件、ポスター発表１件、発表します。

1

0

4

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

3月13日に国立がん研究センター研究所で開催される内閣府PRISM事業・令和４年度成果報告会で、「医薬ビックデータと機械学習による創薬標的分子の予測」というタイトルで発表します。

0

4

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

8 days

Our paper entitled “Galectin-10 in serum extracellular vesicles reflects asthma pathophysiology” has been published in Journal of Allergy and Clinical Immunology. This is a collaboration with medical doctors at Osaka University Hospital.

1

3

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

Our paper entitled “Small compound-based direct cell conversion with combinatorial optimization of pathway regulations” has been published in the Bioinformatics journal.

Small compound-based direct cell conversion with combinatorial optimization of pathway regulations

AbstractMotivation. Direct cell conversion, direct reprogramming (DR), is an innovative technology that directly converts source cells to target cells with

academic.oup.com

0

1

3

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

6月18-19日に開催される日本科学振興協会第1回総会・キックオフミーティングで、私が領域代表である学術変革B「シナジー創薬学」についてポスター発表します。

JAAS 日本科学振興協会第1回総会・キックオフミーティング

JAAS 日本科学振興協会第1回総会・キックオフミーティング日本の科学を、もっと元気に！会期：2022年6月18日～24日

www2.aeplan.co.jp

0

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

静岡で開催されている日本動物実験代替法学会第35回大会において、11月20日（日曜）の「特別講演３」で、AI創薬について講演します。

0

1

3

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

トランスクリプトームを用いた創薬では、疾患患者の異常な遺伝子発現パターンを打ち消すような化合物を治療薬候補として探索するのが一般的です。しかしながら、疾患と治療薬の間で、トランスクリプトームの相関を見いだすのは困難です。

1

0

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

私が領域代表である学術変革B「シナジー創薬学」の研究成果報告のため、令和5年3月17日（金）10:00-13:00に、オンラインで一般公開シンポジウムを開催します。参加費は無料で、どなたでも参加できます。

0

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

ハイライトトラックで、濱野桃子さんが以下のタイトルで発表します。 TRANSDIRE:パ��オニア因子を考慮したトランスオミクス手法によるデータ駆動型ダイレクトリプログラミング

1

0

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

3 months

今日（2月14日）、東京で開催される医療産業イノベーションフォーラム「製薬業界でのAI活用の現在地」で講演します。

2023年度医療産業イノベーションフォーラム | 一般社団法人医療産業イノベーション機構

www.miii.or.jp

0

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

京都で開催中の第22回日本再生医療学会総会の３月２５日（土曜）午前セッションで、当研究室の濱野さんが「ダイレクトリプログラミングを誘導する低分子化合物組み合わせの in silico 予測」というタイトルで口頭発表します。O-52-2

第22回日本再生医療学会総会 -

site.convention.co.jp

0

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

Our paper has been published in the Bioinformatics journal. We proposed a computational method to predict therapeutic targets from genetically perturbed transcriptome data.

From drug repositioning to target repositioning: prediction of therapeutic targets using genetica...

AbstractMotivation. A critical element of drug development is the identification of therapeutic targets for diseases. However, the depletion of therapeutic

academic.oup.com

0

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

5月19日(木）18:00よりオンラインで開催される新潟医学会例会シンポジウムで、「AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬と医療」について講演します。

0

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

6月2日、東京大学鉄門記念講堂で開催される、AIMGAINキックオフシンポジウム「革新的スクリーニング技術 DNA-encoded Libraryの産官学共創」で、講演します。当研究室も、このプロジェクトに参画します。

0

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 months

@a1isetiptree @Yh_Taguchi メッセージありがとうございます！

1

0

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

I will give a talk about "Data-driven drug discovery and healthcare by machine learning" at the Workshop on Mathematical Methods for Analyzing Biological Data, ICIC2022 on August 9, 2022.

0

1

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

我々は、膨大なChIP-seqデータから構築した転写因子シグネチャーで疾患と化合物を特徴付けするレギュローム解析を提案しました。提案手法により、疾患とその治療薬の間に明確な相関を見つけやすいことを示しました。また、正の相関か負の相関かは、疾患クラスごとに異なることを見出しました。

1

0

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

Our paper has been published in Journal of Chemical Information and Modeling. The paper title is “Scaffold-Retained Structure Generator to Exhaustively Create Molecules in an Arbitrary Chemical Space”.

Scaffold-Retained Structure Generator to Exhaustively Create Molecules in an Arbitrary Chemical...

The construction of a virtual library (VL) consisting of novel molecules based on structure–activity relationships is crucial for lead optimization in rational drug design. In this study, we propose...

pubs.acs.org

0

1

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

ポスター発表セッションで、島田祐樹さんが以下のタイトルで発表します。パスウェイを考慮した漢方薬の作用機序解析と効能予測

0

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

令和6年度情報学研究科博士前期課程（令和6年4月入学）、令和5年度情報学研究科博士後期課程入学試験（令和5年10月入学）の募集要項が掲載されました。山西研の所属する複雑系科学専攻は、願書締切は 7/6、試験は 8/2、8/3です。

0

1

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

3 months

Our paper entitled “Network-based identification of diagnosis-specific trans-omic biomarkers via integration of multiple omics data” has been published in BioSystems. Biomarker candidates can be predicted by a network-based trans-omics analysis.

0

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

5月29日午後、九州大学大学院薬学府で、AI・ビッグデータ時代の創薬に関する講義をします（３限目、４限目）。創薬標的探索、医薬品候補化合物探索、毒性・副作用予測、医薬品分子構造設計などのための情報技術について解説します。

0

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

2 years

口頭発表セッションで、林広夢さんが以下のタイトルで発表します。心筋細胞核およびDNA損傷マーカーの染色画像を用いたVision Transformerによる心不全の治療予後予測

1

0

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

1 year

レギュローム解析を活用し、多様な疾患に対して治療薬候補の探索を行いました。トランスクリプトーム解析では不明だった疾患と治療薬の関連性を多く見出しました。肺がんに対して予測された薬剤の抗がん作用をin vitroで検証したところ、その活性を実際に確認することができました。

0

2

Yoshihiro Yamanishi

@YoshihiroYamani

6 months

明日13日から名古屋で開催される第40回メディシナルケミストリーシンポジウムで、当研究室から海東さんが以下のタイトルで口頭発表します。 DNA-encoded library 設計を指向したケミカルスペースの可視化

0

1